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發酵法生產赤蘚糖醇始于20世紀90年代，國際上均采用微生物發酵法大批量生產赤蘚糖醇。生產赤蘚糖醇的碳源有烷烴、單糖和雙糖等，葡萄糖、果糖、甘露糖和蔗糖都是生產赤蘚糖醇的良好碳源，其中D-甘露糖的轉化率，達31.5%。但是由于成本因素，目前主要以小麥或玉米等淀粉質原料，經酶降解生成葡萄糖，由耐高滲透酵母或其它菌株發酵生產，能生產赤蘚糖醇的有假絲酵母屬、球擬酵母屬、毛孢子菌屬、三角酵母屬、畢赤酵母屬等。赤蘚糖醇發酵法工業化生產流程如下：淀粉—液化—糖化—葡萄糖一生產菌株發酵一過濾一色層分離一凈化一濃縮一結晶一分離一干燥，最后得到赤蘚糖醇，平均收率約50%。研究表明，赤蘚糖醇發酵法受多種因素影響，如滲透壓的改變明顯影響多元醇的生成，無機鹽Mn2+、Cu2+能提高赤蘚糖醇的產率，氧氣、溫度都對其產量有影響，與化學合成法相比，發酵法更具有生產優勢。