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果膠酶廣泛分布于高等植物和微生物中，在某些原生動物和昆蟲中也有發現。在微生物中，細菌、放線菌酵母和霉菌都能代謝合成果膠酶。果膠酶一般分為原果膠酶、果膠水解酶、果膠裂解酶和果膠酯酶等。許多微生物都能產生使果膠溶解的原果膠酶，其能從植物組織中使原果膠釋放出可溶性的果膠物質。一般根據原果膠酶的作用機理，將其分為2種類型：A型原果膠酶和B型原果膠酶：

A型原果膠酶主要作用于原果膠的光滑區，也就是多聚半乳糖醛酸的區域；

B型原果膠酶主要作用于須狀區，也就是連接聚半乳糖醛酸鏈和細胞壁組分的多糖鏈。