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大豆多糖分子結構主要是酸性糖（半乳糖醛酸聚糖，鼠李二半乳糖醛酸聚糖）主鏈和中性糖（阿拉伯聚糖和半乳聚糖）支鏈組成，而蛋白質分子結構是由含有酸性羧基和堿性氨基的肽鏈組成。當蛋白溶液中加入大豆多糖時，大豆多糖的酸性主鏈與蛋白質的氨基結合，使整個結合體帶負電荷而相互排斥，防止蛋白粒子相互接觸而沉淀，與其它酸性多糖穩定劑相比，大豆多糖還有長的中性支鏈，能維持蛋白粒子更大的空間結構，使蛋白顆粒即使在等電點也不能相互接觸而沉淀，這就是大豆多糖優于其它穩定劑并能在酸性條件下穩定蛋白的原因。