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木瓜蛋白酶（Papain），又稱木瓜酶，是一種蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一種低特異性蛋白水解酶，廣泛地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內，其中在未成熟的乳汁中含量最豐富。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，屬于巰基蛋白酶，它具有酶活高、熱穩定性好、天然衛生安全等特點，因此在食品、醫藥、飼料、日化、皮革及紡織等行業得到廣泛應用。

木瓜蛋白酶是一種蛋白水解酶，分子量為23406，由一種單肽鏈組成，含有212個氨基酸殘基。至少有三個氨基酸殘基存在于酶的活性中心部位，他們分別是Cys25、His159和Asp158，另外六個半胱氨酸殘基形成了三對二硫鍵,且都不在活性部位。純木瓜蛋白酶制品可含有：（1）木瓜蛋白酶，分子量21000，約占可溶性蛋白質的10%；（2）木瓜凝乳蛋白酶，分子量26000，約占可溶性蛋白質的45%；（3）溶菌酶，分子量25000，約占可溶性蛋白質的20%；及纖維素酶等不同的酶